Академия - крупнейший учебно-научный комплекс по подготовке, аттестации и повышению Квалификации медицинских, и фармацевтических кадров. В 2008 году один из старейших медицинских вузов страны отметит 250-летний юбилей.
В соответствии с Уставом в структуру Академии входят 14 факультетов: лечебный, медико-профилактический, фармацевтический, высшего сестринского образования, стоматологический, подготовки научно-педагогических, кадров, иностранных учащихся, военного обучения, а также факультет послевузовского профессионального образования врачей, факультет послевузовского профессионального образования провизоров, факультет послевузовского профессионального образования педиатров, медико-профилактический факультет послевузовского профессионального образования, факультет управления здравоохранением, факультет дополнительного профессионального образования преподавателей.
Послевузовское обучение в рамках интернатуры, клинической ординатуры и аспирантуры по всем клиническим специальностям проходят ежегодно до 2000 человек. Впервые в истории медицинских вузов страны в Академии были созданы новые факультеты: подготовки научных и научно-педагогических кадров и высшего сестринского образования. В 2001 году в Академии открыт стоматологический факультет, а с сентября 2002 года начал свою работу факультет военного обучения.
Созданы и реализуются программы довузовской подготовки. В настоящее время Академия имеет договоры о довузовской подготовке с общеобразовательными школами Москвы, гимназии в г. Раменском, Туле, Мытищах. Общее количество обучающихся составляет более 9000 студентов. На факультетах Московской медицинской академии имени Ж.М. Сеченова 168 кафедр и курсов, на которых трудятся более 2 тыс. высококвалифицированных научно-педагогических кадров.
Академия - член Международной ассоциации университетов. На основе прямых соглашений и договоров Академия сотрудничает с университетами США, Германии, Норвегии, Нидерландов и другими. Ежегодно Академия командирует за рубеж более 300 сотрудников и принимает около 100 иностранных специалистов, активно ведется обмен студентами. Свидетельство большого международного авторитета Академии - высокий рейтинг, получаемый ею в ежегодных конкурсах вузов, проводимых ЮНЕСКО.